Le nom provient d'Amon, dieu du Soleil dans l'Égypte antique et de Düül, dieu de la musique dans la mythologie turque.
L'histoire d'Amon Düül est un peu compliquée. Au départ, c'est une communauté allemande underground. Alors que la formation connait un succès grandissant, les membres du collectif ne parviennent pas à s'entendre sur le concept de "groupe". Certains pensent que n'importe qui peut intégrer le groupe quand il le désire et participer à l'expérience (Amon Düül). D'autres veulent structurer le groupe pour en faire une vraie formation de musiciens (Amon Düül II).
Aujourd'hui, Amon Düül II est considéré comme une référence d'un sous-genre du rock progressif: le Krautrock (très orienté vers la musique électronique).